香瓜发苦主要是先天品种问题、生长过程发育异常、储存变质三类原因导致的。
1 先天品种因素：部分香瓜本身自带合成苦味葫芦素的基因，尤其是野生香瓜或是未完全驯化的品种，葫芦素含量远高于普通栽培香瓜，吃起来就会发苦。另外杂交育种时如果混入了带苦味基因的亲本，也会让栽培香瓜结出发苦的果实。
2 生长发育异常：香瓜生长期遭遇连续低温阴雨、光照不足或是虫害损伤，会影响果实正常发育，导致植株合成的苦味葫芦素大量积累在瓜肉中，让香瓜变苦。另外施肥不当，偏施氮肥缺少磷钾肥，也会导致香瓜甜度不足、苦味突出。
3 发苦的香瓜能不能吃要分情况：如果只是靠近瓜蒂的小范围部位发苦，瓜肉其余部分没有变质异味，削掉发苦部分后可以少量食用；如果整瓜发苦，或是已经出现变软腐烂、异味等变质情况，就不建议吃了，这类香瓜要么葫芦素含量超标，食用后容易引发肠胃不适，要么已经滋生有害微生物，会危害身体健康。